9月上中旬，国务院派出6个督查组，赴山西省、辽宁省、江苏省、浙江省、安徽省、山东省、河南省、广东省、广西壮族自治区、四川省、陕西省、青海省等12个省（区），对基层医改政策贯彻落实情况开展了专项督查。
 
　　这次督查是以国务院名义组织开展的对医改领域的第一次重大专项督查。李克强总理、张高丽副总理等国务院领导同志亲自审定督查方案，提出明确要求。督查工作结束后，刘延东副总理听取了汇报，并对进一步深化医改作出了部署。
 
　　督查情况表明，12省（区）基层医疗卫生机构运行平稳，医务人员积极性得到提高，人民群众的基本医疗服务需求逐步得到保障，基层医改成果得到巩固和深化。目前，各地已在政府办基层医疗卫生机构实施基本药物制度，有序扩大实施范围；各地深入实施基层医疗卫生机构编制、收入和分配制度改革，重新核定人员编制，逐步建立“能上能下、能进能出”的用人新机制，全面实施绩效工资制度；各地不断健全多渠道补偿机制，加大财政支出结构调整力度，基本落实基层医疗卫生机构专项补助和经常性收支差额补助，并普遍实施了一般诊疗费；各地大力推进基层医疗卫生机构标准化建设，认真开展以全科医生为重点的人才队伍建设，积极推广中医药适宜技术，并努力推动基层医疗卫生信息化建设；各地基本落实村卫生室各项补偿政策，采取多种方式优化乡村医生队伍，积极探索乡村医生参加基本养老保险的具体办法。
 
　　在督查的过程中也发现了一些问题，主要是：一些地方对基层医疗卫生机构的监管不到位；一些基层医疗卫生机构存在不规范诊疗行为；一些地方的人才队伍建设滞后；一些地方对于鼓励和引导社会资本举办基层医疗卫生机构的支持力度不够。此外，还发现有的地区存在少数基本药物配送不及时、回款周期长、乡村医生养老保障水平偏低、绩效考核机制不完善等问题。对于发现的问题，督查组向相关省（区）人民政府提出明确的整改意见。各地正在抓紧整改，有的问题已整改完毕。