一般认为，情感障碍的预后较精神分裂症好，但情感障碍具有明显的复发倾向或趋于慢性化。首次情感障碍发作之前常常可以发现有明显的生活事件发生，而在以后的复发之前却常常找不到这种“诱因”，说明首发之前的应激事件所导致的生物学改变在发作缓解后可能依然存在，致使病人处于一种“易感”状态，导致此后的复发乃至慢性化。另外，有效抗抑郁药物出现也显著地改变了情感障碍的“自然病程”和预后。

    1.抑郁性障碍

    首发抑郁后约半数以上会在未来5年以内出现再次的复发。在抗抑郁药物出现之前，这一数字高达75%～80%。有1/3的病人甚至在第1年复发。未经治疗的抑郁发作病程一般持续6～13个月，1次发作病程超过2年的病人不足20%(不包括心境恶劣)。而通过药物治疗可将此病程缩短到3个月左右，治疗开始越早病程缩短越显著。也正是因为如此，抗抑郁治疗如不足3个月，几乎所有的病人都可能出现抑郁症状的再现。这实际上并非另一次发作，而是本次发作的死灰复燃。随着抑郁发作次数的增加和病程的延长，抑郁发作次数越来越频繁，而发作的持续时间也越来越长。抑郁症的自杀率约10%～15%，首次发作后的5年间自杀率最高。因此，早期发现和早期治疗具有重要意义。首发抑郁病人约5%～10%以后可能会更改诊断为双相障碍。因此，抑郁障碍预后绝非良好，预防性应用抗抑郁药物是改善预后的关键。

    2.双相障碍

    双相障碍中约3/4(女性)或2/3(男性)以抑郁发作开始，呈发作性病程。而Goodwin(1984)总结早期研究发现约34%～79%的病人首次发作为躁狂。这一差异可能反映了对双相障碍定义的变迁以及对抑郁状态的认识水平。在回溯性调查中可以发现一些病人既往存在环性情感障碍。多数病人具有抑郁和躁狂的双相发作，只有10%～20%的病人仅出现躁狂发作。躁狂发作一般呈急性起病，在数小时至数天内达到高峰。未经治疗的躁狂发作一般持续3个月左右，因此抗躁狂治疗应至少持续3个月。随着病程的延长，发作问期缩短，在经过6～9次发作后可稳定在6～9个月之间。双相障碍的预后较抑郁性障碍更差。首次发作后约40%～50%在2年内复发。即使采用锂盐进行维持治疗也只能使约50%～60%的病人获得较满意的治疗和预防效果。长期随访发现，只有约7%的病人此后不再复发，而45%会出现1次以上的复发。